С учетом принятых ФСФР России 30 июня 2009 года решений по состоянию на 01 июля 2009 года имеют действующую лицензию без ограничения срока действия 166 негосударственных пенсионных фондов.

С 01 июля 2009 года в соответствии с Федеральным законом «О негосударственных пенсионных фондах» прекратилось действие лицензий 41 негосударственного пенсионного фонда.

Из них 9 фондов предполагают прекратить свою деятельность в порядке реорганизации в форме присоединения.
Фонды, которые не имеют возможности осуществить реорганизацию, обязаны обратиться в суд на предмет ликвидации, руководствуясь основаниями, установленными статьей 119 Гражданского Кодекса Российской Федерации.

При этом в соответствии со статьей 33  Федерального закона "О негосударственных пенсионных фондах" при ликвидации фонда его пенсионные резервы используются для исполнения обязательств по пенсионным договорам, выплаты выкупных сумм, перевода выкупных сумм в другие фонды по выбору вкладчика или участника (их правопреемников), а при отсутствии такого выбора в фонд (фонды), указанный (указанные) в пенсионных правилах, либо для перевода выкупных сумм в счет уплаты страховых премий по договорам пенсионного страхования участников, заключенным со страховыми организациями, по выбору вкладчика или участника (их правопреемников).

При ликвидации фонда средства пенсионных накоплений в трехмесячный срок передаются в Пенсионный фонд Российской Федерации.
В случае выявления фактов нарушения законных прав и интересов граждан в связи с неисполнением органами управления и руководителями фондов требований федеральных законов ФСФР России обращается в органы прокуратуры с целью осуществления мер общего надзора.

В данном случае ФСФР России проинформирует ФНС России, Минюст России, МВД России и органы прокуратуры о прекращении действия лицензий негосударственных пенсионных фондов.

ФСФР России 30 июня 2009 года приняла решение об аннулировании лицензий 24 негосударственным пенсионным фондам, из них: 23 негосударственным пенсионным фондам лицензия аннулирована за нарушение требований законодательства Российской Федерации, и 1 негосударственному пенсионному фонду лицензия аннулирована по заявлению лицензиата в связи с прекращением лицензируемого вида деятельности.

В соответствии с пунктом 12 статьи 7.2 Федерального закона "О негосударственных пенсионных фондах" с даты, когда фонд узнал или должен был узнать об аннулировании у него лицензии, он не вправе заключать пенсионные договоры, договоры об обязательном пенсионном страховании и договоры о создании профессиональных пенсионных систем, а также распоряжаться пенсионными резервами и средствами пенсионных накоплений иначе чем в порядке, установленном Федеральным законом "О негосударственных пенсионных фондах".

В случае принятия решения об аннулировании лицензии фонд обязан в течение трех месяцев с даты принятия указанного решения:
- в письменной форме уведомить своих вкладчиков, участников и застрахованных лиц, а также их правопреемников, подавших в фонд соответствующее заявление не позднее даты аннулирования лицензии, об аннулировании у него лицензии;
- определить обязательства по пенсионным договорам, включая обязательства по выплате назначенных негосударственных пенсий, договорам об обязательном пенсионном страховании и договорам о создании профессиональных пенсионных систем;
- определить состав кредиторов, требования которых подлежат удовлетворению за счет средств пенсионных резервов и средств пенсионных накоплений, а также сумму кредиторской задолженности;
- определить рыночную стоимость пенсионных резервов фонда;
- принять меры к погашению дебиторской задолженности по операциям со средствами пенсионных резервов и средствами пенсионных накоплений;
- осуществить расчеты с кредиторами фонда по инвестированию средств пенсионных накоплений, прекращает договоры обязательного пенсионного страхования и передает указанные средства в Пенсионный фонд Российской Федерации.
При аннулировании лицензии фонда ФСФР России назначает в фонд временную администрацию для исполнения указанных выше обязанностей, в случае если:
- в фонде на момент аннулирования лицензии прекратилась деятельность совета фонда и (или) единоличного (коллегиального) исполнительного органа фонда;
- фонд не исполняет указанных обязанностей, в предусмотренные законом сроки.